Компьютерное моделирование лекарств достигло лабораторной точности

Учёные создали новую модель компьютерного моделирования лекарств. 

Сотрудники Института цитологии РАН (ИНЦ РАН) предложили модель компьютерного моделирования лекарственных соединений. Она позволяет точнее предсказывать, как препараты взаимодействуют с клеточными мембранами пациента. Результаты исследования опубликованы в научном журнале BioSystems.

В качестве модельных веществ учёные ИНЦ РАН использовали три соединения класса флавоноидов: байкалеин, хризин и лютеолин — это обширная группа природных растительных пигментов, которые придают овощам, фруктам, ягодам и цветам яркие цвета (красный, синий, жёлтый). Процесс моделирования включал несколько этапов:

• получение параметров молекул флавоноидов с помощью инструмента CGenFF;

• ручную оптимизацию через плагин ffTK «аналоговых» параметров с квантово‑химическим уточнением зарядов, длин связей и углов;

• верификацию модели через сравнение расчётных дипольных моментов и ИК‑спектров с эталоном, а затем — моделирование взаимодействия флавоноидов с мембранами в разных концентрациях.

Со слов научного сотрудника лаборатории моделирования мембран и ионных каналов ИНЦ РАН Анны Малыхиной, «сравнение результатов моделирования при помощи нашего фреймворка и лабораторных экспериментов с реальными соединениями показало высокую степень достоверности компьютерной симуляции».